หลังจากที่ สิงโตอเล็กซ์ ม้าลายมาร์ตี ยีราฟเมลแมน (เดวิด ชวิมเมอร์) ฮิปโปกลอเรีย คิงจูเลียน มอริซ และพลพรรคเพนกวิน ถูกทิ้งบนชายฝั่งเกาะมาดากัสการ์ที่ห่างไกลอารยธรรม เหล่าสัตว์จากนิวยอร์กร่วมกันวางแผนการที่เพี้ยนสุดๆ เหล่าเพนกวินลงมือซ่อมเครื่องบินเก่าๆ ที่ตกลงมาบนเกาะ แล้วในที่สุด เครื่องบินก็พาพวกเขาไปยังผืนแผ่นดินแอฟริกาที่กว้างใหญ่ไพศาล ที่แอฟริกา พลพรรคจากสวนสัตว์ได้พบกับเผ่าพันธุ์เดียวกันเป็นครั้งแรก ได้ค้นพบรากเหง้าของตัวเอง และได้เรียนรู้ถึงความแตกต่างระหว่างป่าคอนกรีตและใจกลางป่าแอฟริกา แม้ว่าจะมีทั้งญาติพี่น้องที่เพิ่งพานพบ คู่แข่งด้านความรัก และนายพรานจอมวางแผน แอฟริกาก็ดูเหมือนจะเป็นสถานที่สุดวิเศษ แต่มันจะดีกว่าบ้านของพวกเขาที่เซ็นทรัลปาร์กจริงหรือไม่